Il comportamento da te descritto non è altro che l"head bobbing",
dai un occhiata a questo articolo " http://www.anapsid.org/iguana/bobbing.html" comune in gran parte dei sauri, i maschi preferibilmente lo manifestano se minacciati, se eccitati o se in competizione territoriale con altri esemplari dello stesso sesso.
Delle volte lo fanno anche se vedono la loro immagine riflessa nel vetro. Non sottovalutare molto questa cosa, anche se è un comportamento più che normale specialmente nelle iguana iguana.. il fatto che lo faccia la più grande, potrebbe essere un modo per comunicare la propria dominanza sul territorio rispetto l'altro esemplare più piccolo.
Fra l'altro il terrario da te descritto è a dir poco piccolo per un esemplare, figuriamoci per due, attrezzati immdaitamente per dargli un alloggio degno.... due iguana.... bella impresa... sono un gran bell'impegno, oltre che il terrario provvedi a leggere il più che puoi e ad informarti un bel pò anche sul forum stesso
ti consiglierei di dividere la coppia fin quando
A: non hai un terrario abbastanza grande per tutti e due (si parla di un paio di metri di lunghezza per altrettanto di altezza e profondità , praticamente una stanza)
B: non sei in grado di poter sessarli, se si trattasse di due maschi, oltre che l'Head bobbing, si passerebbe alle risse con brutte conseguenze.