di iguane non me ne intendo molto...le foto poi sono piccoline,ma comunque non sembrano stare male... (almeno dal mio occhio non esperto

)
tornando ai disturbi, i sauri in genere chiudono gli occhi quando sono stressati, forse la tua manifesta questo... o forse il neon e lo spot non sono adatti e la luce dà fastidio...che tipo di neon e di spot usi? e quali sono gli altri parametri del terrario? (misure,temperature, umidità..)...
forse le macchie scure potrebebro essere residui di muta....
Le mie sono solo ipotesi però, lascio la parola a chi è più esperto di me,non vorrei dare consigli errati
Ps per fare le foto della zona cloacale fai un giro sul forum usando la funzione cerca (scrivendo magari "sesso iguana" o "dismorfismo" ecc) e vedi se trovi qualche esempio
